Завод введен в эксплуатацию в 1961 году в рамках государственной программы комплексных мероприятий по возмещению ущерба от возведения каскада гидроэлекстростанций. Общая площадь вырастных прудов на тот момент составляла 66 га.
В 1987 году одним из первых Бертюльский ОРЗ внедрил аппараты «Осетр» для инкубации икры осетровых видов рыб. С 1970 по 1975 годы на заводе была произведена реконструкция, в результате которой прудовая площадь увеличилась почти вдвое. Начиная с 1994 года, на Бертюльском ОРЗ организовано содержание осетровых в зимовальных прудах с целью сохранения производителей осетровых видов рыб и дальнейшего их использования в производственном процессе.
Более 60 лет коллектив завода выращивает и ежегодно выпускает на просторы Волго-Каспийского бассейна жизнестойкую молодь осетровых. В 2020 году фактический выпуск молоди русского осетра составил рекордные 4,122419 млн штук при плане 2,072 млн штук.
До настоящего времени Бертюльский ОРЗ хранит «Переходящее Знамя управления «Севкаспрыбвод», которое вручалось передовым коллективам рыбной отрасли.
